Мод начинается с приезда Гордона на монорельсе в отдел кадров. Там его встречает Айзек Кляйнер, с просьбой пройти за ним. Пройдя дальше, они подходят к стойке регистрации, где учёный объясняет, что Фримен должен предоставить необходимые документы, чтобы его зарегистрировали как нового научного сотрудника.
Через какое-то время, Кляйнер говорит, что уже опаздывает, но в это же время подходит Илай Вэнс. Айзек просит Илая обустроить Гордона в «Чёрной Мезе». Тот соглашается, и Кляйнер в спешке уходит. Вэнс едет с Фрименом в зону общежитий, где знакомит своего новоиспечённого коллегу с Магнуссоном, частично с Аликс и показывает квартиру, где Гордон будет жить.
Следующая глава снова начинается с приезда на монорельсе, но уже для тренировки по использованию защитного костюма HEV в Секторе A. Учёные объясняют правила, и что Фримен согласен с их соблюдением. Он спускается на лифте, и тут начинается тренировка (в самой Half-Life игрок встречает это место, когда проходит тренировочный курс). После тренировки Гордон направляется в офисный комплекс к Кляйнеру, но вот незадача — рассеянный учёный оставил ключи в кабинете. В это же время прибегает Барни, и Айзек просит обоих коллег помочь ему. Барни бросает Гордону вызов — тот, кто доберётся до кабинета первым, тот победит, а проигравший будет должен пиво. Гордон выигрывает спор, пробравшись через вентиляцию, о чём впоследствии упомянет Аликс в Half-Life 2: Episode One.
Затем Гордон направляется в Лаборатории аномальных материалов, чтобы принять участие в своём первом эксперименте. Он встречает Розенберга, и тот объясняет, что нужно приготовить два образца кристалла. Почти в самом конце эксперимента заканчивается энергия, и Розенберг просит Фримена пройти в генераторную комнату, чтобы включить дополнительный источник энергии. Гордон с этим справляется, и эксперимент благополучно заканчивается.
Начинается последняя глава. Гордон отправляется к вокзалу для ещё одного визита в Сектор C — вы уже сами знаете, с какой целью. Мимо Гордона проезжает Барни, и мод заканчивается с надписью «Конец. Или начало?..»