Проект распределенных вычислений по исследованию структуры белков человеческого организма с помощью научного подхода, основанного на вычислительной реализации термодинамической гипотезы амер биохимика Кристиана Бёмера Анфинсена (Anfinsen Ch. B.), удостоенного Нобелевской премии по химии в 1972 году. В проекте используется метод моделирования структуры белка. Комбинированный подход в изучении строения белка. Нечто среднее между Rosetta@home и Folding@home (со слов создателей проекта) POEM@home использует модифицированный метод Молекулярной Динамики с помощью стохастической оптимизации. Организаторы делят цели проекта на 2 группы: близкие и дальние. К близким относят: 1. Поиск молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины). Что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов. Например, остановить воспалительный процесс. 2. Совместная работа с проектами, связанными с малярией, онкологией. 3. Участие в проектах, связан...Ещё Проект распределенных вычислений по исследованию структуры белков человеческого организма с помощью научного подхода, основанного на вычислительной реализации термодинамической гипотезы амер биохимика Кристиана Бёмера Анфинсена (Anfinsen Ch. B.), удостоенного Нобелевской премии по химии в 1972 году. В проекте используется метод моделирования структуры белка. Комбинированный подход в изучении строения белка. Нечто среднее между Rosetta@home и Folding@home (со слов создателей проекта) POEM@home использует модифицированный метод Молекулярной Динамики с помощью стохастической оптимизации. Организаторы делят цели проекта на 2 группы: близкие и дальние. К близким относят: 1. Поиск молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины). Что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов. Например, остановить воспалительный процесс. 2. Совместная работа с проектами, связанными с малярией, онкологией. 3. Участие в проектах, связанных с поиском лечения болезни Альцгеймера и других дегенеративных заболеваний нервной системы. К дальним целям относятся: 1. Разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые в прикладных разработках. 2. Детально изучить структуру мембранных белков. Если этот проект похож на другие, действительно ли POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки? Вот ответ организаторов: При моделировании Белка используются два подхода. 1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает для больших белков, дает превосходные структуры для белков с высоким подобием аминокислотной последовательности. Недостатки: не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных наркотиков), отсутствие изучения кинетики. 2) Вы моделируете процесс сворачивания так, как это происходит в природе (Folding@Home) с биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики, методом последовательных приближений с шагом по времени порядка 10E-15 s/step (фемтосекунда на шаг). На каждом шаге сначала рассчитываются силы взаимодействия между всеми атомами, скорости движения и на основе этого вычисляются новые координаты для каждого атома. После чего процесс повторяется заново на следующем шаге с учетом изменившихся положений атомов. Поскольку длительность процесса сворачивания белка занимает от микро до миллисекунд, нам необходимо просчитать очень большое количество таких шагов (от сотен миллионов до триллионов). Преимущества: полная информация о динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работает только для маленьких белков, т.к. вычислительная сложность молекулярной динамики растет пропорционально квадрату от числа атомов в белке...
Размышления кранчера по итогам конференции, посвященной суперкомпьютерам.
Прошло несколько дней после окончания очередного форума НСКФ 2022 года. Можно немного прийти в себя после дороги и описать впечатления от форума. Общее впечатление двояко. С одной стороны - здорово, что это мероприятие вернулось у очному формату, с другой - 2 года ковидных ограничений и текущая санкционная ситуация очень сильно ударили как по самому Форуму, так и по всей суперкомпьютерной отрасли. Во-первых, ушли все зарубежные спонсоры и участники (почти). Наивно было бы ожидать сейчас стендов от IBM, Intel, AMD, NVidia и аналогичных компаний. Это сейчас объяснимо. Но вот НЕучастие как в спонсорской поддержке, так и
Обновление перезапуска Africa Rainfall Project (ARP)
Команда ARP готовится к перезапуску после того, как проект был приостановлен в декабре 2022 года. В этой статье описаны шаги, которые мы предпринимаем для перезапуска этого проекта. Проект: дождевые осадки в Африке Опубликовано: 25 апреля 2024 г.
Несколько лет назад ( а конкретно — в декабре 2016 года, вскоре после очередного НСКФ ) появилась идея создания книги о Добровольных Распределенных Вычислениях. Планировалось, что туда войдут материалы, опубликованные в электронном виде на сайте BOINC.RU, а также специально написанные воспоминания участников различных команд и создателей российских проектов. Было даже написано несколько набросков различных глав и статей...
Не для участников команды, т.к. проект непрофильный
С 14 апреля 12:14:00 UTC по 12:14:00 21 апреля PrimeGrid будет проводить 7-дневное соревнование по проекту «Проблема Ризеля» (TRP). Обратите внимание на необычное время начала и окончания! Для получения дополнительной информации, пожалуйста, посетите эту ветку форума. https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=10528
Welcome to JUICE's Birthday Challenge: 7 day TRP from April 14 12:14 UTC to April 21 12:14 UTC PrimeGrid will celebrate the one-year anniversary of the launch of the JUICE spacecraft by running a 7-day challenge on the TRP pro...
Сейчас предприняты попытки возродить одну из самых первых и крупных групп про распределённые вычисления. Присоединяйтесь! Хотите своим компьютером помочь науке в борьбе с неизлечимыми болезнями? Вступайте в нашу группу
https://vk.com/foldingtscrussia
! Мы - сообщество людей, предоставляющих СВОБОДНЫЕ ресурсы наших компьютеров для проведения научных расчетов. На данный момент приоритетный проект - Folding@Home. Этот проект организован группой учёных из Стэнфордского университета. Подробнее: http://folding.stanford.edu/Russian/Main http://ru.wikipedia.org/wiki/Folding@home Цель проекта - исследование "фолдинга" белков (то есть их "сворачивания" в уникальную структуру,
ВКонтакте – универсальное средство для общения и поиска друзей и одноклассников, которым ежедневно пользуются десятки миллионов человек. Мы хотим, чтобы друзья, однокурсники, одноклассники, соседи и коллеги всегда оставались...
Загружен на 97%. Институт Krembil исследует гены, промаркированные с целью найти возможную связь их с раком. Эта информация, вероятно, поможет исследователям института Krembil улучшить лечение рака, обнаружить его на ранней стадии, определить пациентов с высоким риском и предсказать наилучшее лечение для каждого пациента.
Комментарии 1
Кристиана Бёмера Анфинсена (Anfinsen Ch. B.), удостоенного Нобелевской премии по химии в 1972 году.
В проекте используется метод моделирования структуры белка. Комбинированный подход в изучении строения белка. Нечто среднее между Rosetta@home и Folding@home (со слов создателей проекта)
POEM@home использует модифицированный метод Молекулярной Динамики с помощью стохастической оптимизации.
Организаторы делят цели проекта на 2 группы: близкие и дальние. К близким относят: 1.
Поиск молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические
цитокины). Что даст возможность блокировать различные процессы в
организме на уровне клеточных рецепторов. Например, остановить
воспалительный процесс.
2. Совместная работа с проектами, связанными с малярией, онкологией.
3. Участие в проектах, связан...Ещё
Кристиана Бёмера Анфинсена (Anfinsen Ch. B.), удостоенного Нобелевской премии по химии в 1972 году.
В проекте используется метод моделирования структуры белка. Комбинированный подход в изучении строения белка. Нечто среднее между Rosetta@home и Folding@home (со слов создателей проекта)
POEM@home использует модифицированный метод Молекулярной Динамики с помощью стохастической оптимизации.
Организаторы делят цели проекта на 2 группы: близкие и дальние. К близким относят: 1.
Поиск молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические
цитокины). Что даст возможность блокировать различные процессы в
организме на уровне клеточных рецепторов. Например, остановить
воспалительный процесс.
2. Совместная работа с проектами, связанными с малярией, онкологией.
3. Участие в проектах, связанных с поиском лечения болезни Альцгеймера и других дегенеративных заболеваний нервной системы.
К дальним целям относятся:
1. Разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые в прикладных разработках.
2. Детально изучить структуру мембранных белков.
Если этот проект похож на другие, действительно ли POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?
Вот ответ организаторов:
При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать структурные фрагменты известных белков и
собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает для больших белков, дает превосходные структуры для белков с высоким подобием
аминокислотной последовательности. Недостатки: не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных наркотиков), отсутствие изучения кинетики.
2) Вы моделируете процесс сворачивания так, как это происходит в природе (Folding@Home) с биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики,
методом последовательных приближений с шагом по времени порядка 10E-15 s/step (фемтосекунда на шаг). На каждом шаге сначала рассчитываются силы взаимодействия между всеми атомами, скорости движения и на основе этого
вычисляются новые координаты для каждого атома. После чего процесс повторяется заново на следующем шаге с учетом изменившихся положений атомов. Поскольку длительность процесса сворачивания белка занимает от
микро до миллисекунд, нам необходимо просчитать очень большое количество таких шагов (от сотен миллионов до триллионов). Преимущества: полная информация о динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры.
Недостатки: работает только для маленьких белков, т.к. вычислительная сложность молекулярной динамики растет пропорционально квадрату от числа атомов в белке...