Воскресенский собор был заложен в сентябре 1658 года — архимандрит Леонид (Кавелин), опираясь на надпись на колоколе, отлитом при патриархе, относит это событие к 1 сентября[12]. В этом же году Никон был удалён из Москвы. До конца 1666 года патриарх находился в Новом Иерусалиме, руководя строительством собора. В его личное управление были переданы три основанные им монастыря: Воскресенский, Иверский, Крестный. Из документов того периода следует, что монастыри были объединены в одну вотчину, в которую входили солеварни в Усолье Камском и Старой Руссе, рыбные ловли на Кольском полуострове, два московских подворья, земли в центральных и северных уездах. Большая часть доходов с этого владения шла на строительство Воскресенского собора[9].