Le dessin animé raconte l'histoire de Sasuke, un enfant appartenant au clan Sarutobi qui se bat avec celui dirigé par le Shogun Tokugawa. Nous sommes au Japon du XVIIe siècle et le Tokugawa Shogun gagne sa bataille et condamne à mort ses rivaux survivants. Dans une effrayante chasse à l'homme, le père de Sasuke est blessé et, pour sauver sa vie, il se fait passer pour un vagabond. La mère n'est pas si chanceuse qu'elle est plutôt tuée par les partisans de Tokugawa, les Hattori. Sasuke se retrouve donc à devoir s'évader pour lui aussi sauver la vie et dans cette évasion il rejoint son père qui, sous l'apparence du maître des arts martiaux vagabond, va l'initier à l'art ninja sans dévoiler sa véritable identité.