Движение поездов через станцию Белгород открылось в апреле 1869 года. Вокзала тогда ещё не было, его роль исполнял обычный жилой дом. Новое здание построили позже, в 1870 году.
Сам вокзал разрушали дважды. В первый раз — во время ожесточённых боёв в 1943 году. В 1980 году «послевоенный вокзал» также был снесён, а спустя несколько лет на его месте возвели новое здание, которое позже, в 2011 году, реконструировали.