Прусское поселение, расположенное на территории современного города Зеленоградска, впервые упоминается в хрониках под 1240 годом в связи с выкупом из плена епископа Христиана. Но история поселения иходит в более древние времена. В 1252 году на берегу Балтийского моря у основания Куршской косы был построен постоялый двор с трактиром «Крантакруг». В 1258 году упоминается орденское поселение Кранцкурен, управляемое орденским куммератом Рудау (ныне поселок Мельниково).
Следующий раз в истории Кранц упоминается на карте Хенненберга 1656 года, и в 1700 году, в записках историка Каспара Штайна. В 1785 году трактир Кранц с двумя домами, «очагами», и селение Кранцкурен с 41 «очагами» находилось под патронатом королевской власти, местность входила в крайс Фишхаузен Кенигсбергского правительственного округа.
В конце XVIII века профессор Альбертины Людвиг фон Бацко обратил внимание на то, что продолжительность жизни жителей побережья Балтийского моря выше, чем средняя по Пруссии. Профессор выдвинул идею обустройства курортов на морском берегу. Мысли фон Бацко подхватил и развил профессор медицины И.Д. Метцгер. Усилия ученых привели к тому, что в 1800 году король Фридрих Вильгельм III предписал санитарной коллегии разработать правительственную программу создания курорта в Кранце. Однако начавшиеся в Европе Наполеоновские войны не позволили воплотить планы в жизнь. В 1807 году, на пути из Кёнигсберга в Мемель (Клайпеда, Литва), в Кранце останавливалась королева Луиза Августа Вильгельмина Амалия, супруга Фридриха Вильгельма III.
В 1853 году завершилось тридцатилетнее строительство шоссе, связавшего Кранц и Кенигсберг, по которому по расписанию стали ходить дилижансы. В 1856 году на площадке в парке «Плантаже» была построена колоннада, получившая название Флороплац. В 1858 году завершились работы по расчистке и расширению канала Кранцбеек, вырытому по ручью Беек, впадавшему в залив, что позволило построить пристань и наладить регулярное сообщение вдоль Куршской косы до Мемеля. В 1859 году в Кранце открылся летний театр, в котором в период сезона почти ежедневно давались представления. С 1895 года Кранц был передан под управление местных властей. В 1897 году была построена Адальберт-кирха. В 1913 году в Кранце функционировали 29 пансионатов и отелей, самыми известными из которых были «Замок на море», «Морское зеркало» и «Монополь». Число отдыхающих на курорте в 1921 году превысило 10 тыс. человек.
В 1900 году население Кранца насчитывало 2,1 тыс. человек, в 1926 году – 5,5 тыс. человек, в 1939 году – 5,7 тыс. человек. В 1935 году Кранц получил право на герб: щит, разделенный на две части, в верхней части которого были изображены красные рога лося на золотом фоне, в нижней - серебряная камбала на лазурном фоне.
В январе 1945 года 43-я армия 3-го Белорусского фронта вышла в район Лаптау (ныне поселок Муромское) всего в нескольких километрах от курорта. Обороняющиеся немецкие части поддерживал артиллерийским огнем тяжелый крейсер «Принц Ойген», вставший на траверзе Кранца. 4 февраля 1945 года город был взят частями и соединениями 43-й и 2-й гвардейских армий. Непосредственные бои на территории города вели воины 292-го стрелкового полка (командир полка подполковник Я. Маршавин) 115-й стрелковой дивизии (командир дивизии полковник А.П. Блинов) и 325-й стрелковой дивизии (командир дивизии генерал-майор Н.З. Сухорёбров) 103-го стрелкового корпуса (командир корпуса генерал-лейтенант И.И. Миссан). 28 января 1945 года на ближних подступах к городу вели боевые действия части 103-го и 54-го стрелковых корпусов. Ожесточенные бои происходили на подступах к городу, сам Кранц практически не пострадал. В городе размещались медсанбаты и госпитали, умершие в них составляют основную часть похороненных в братских могилах.
В 1946 году Кранц мог получить новое название – Балтийск, позже некоторое время назывался Нахимовском, но 17 июля 1947 года был окончательно переименован в Зеленоградск. В 1975 году Зеленоградск получил статус курорта республиканского значения, в 1999 году - статус курорта федерального значения.