Город был заложен на берегу Эгейского моря как портовый и быстро развивался за счёт торговли. В 500-годах н. э. город перенесён на холм Айясолук вблизи нынешнего города Сельчук, поскольку бухта заилилась и полностью обмелела. Впоследствии море продолжило отступать от города, что и стало причиной его упадка. Землетрясения и оползни окончательно похоронили руины под землёй, тем самым сохранив их для археологов. Сегодня развалины Эфеса, большей частью реконструированные, находятся на расстоянии около 6 км от берега моря на седловине между двух холмов.
Эфес (в ином написании — Ефес) и его жители многократно упоминаются в Деяниях святых апостолов (см. Деян. 18:19-21, Деян. 18:24-26 и практически полностью 19-ю главу «Деяний»). Ефесская церковь фигурирует в Откровении Иоанна Богослова как одна из семи церквей Апокалипсиса (см. Откр. 1:11, Откр. 2:1-7); эти книги, а также Послание к Ефесянам апостола Павла входят в состав Нового Завета.
В 1869 году английскими учёными были произведены первые археологические раскопки основанного Лисимахом города на горе, в результате которых миру была открыта красота античного города. В настоящее время археологическая зона Эфеса, размером более десяти километров, находится в окрестности турецкого города Сельчук. В музее Сельчука собраны уникальные находки из Эфеса и соседних античных городов и поселений.