Родилась в Красноярске 5 августа 1984 года в семье Петра и Марины Фишер. Супруги к тому времени уже имели одну дочь — Эрику. Отец работал учителем физкультуры, а мать — инженером на кафедре одного из вузов. Родители Петра Фишера — советские немцы, сосланные в Сибирь в 1941 году. В июне 1988 года семья Фишеров эмигрировала в Германию как «немецкие переселенцы».
В Германии Фишеры поселились в Вёлльштайне в земле Рейнланд-Пфальц. После окончания школы Хелена Фишер окончила частную музыкальную школу Stage & Musical School во Франкфурте-на-Майне. Ещё во время трёхгодичного обучения выступила на сцене Государственного театра в Дармштадте, а также на сцене Народного театра во Франкфурте-на-Майне