სიტყვა მანგლისის ეტიმოლოგია ბოლომდე გაურკვეველია. ხალხურმა გადმოცემამ შემოინახა მანგლისის სახელის წარმოშობის 2 ვერსია - პირველი გადმოცემების თანახმად მანგლისთან მყოფ სოფელ კველთაში მანგლებს (თანამედროვე ქართულით ნამგლებს) ამზადებნდნენ, რის გამოც ახლოს მყოფ დასახლებას მანგლისი დაარქვეს; მეორე გადმოცემის თანახმად ადგილს მანგლისი ბიზანტიელი ხუროთმოძღვრის — მანგლისის სიონის მშენებლის — ვინმე მანგლის საპატივსაცეოდ დაარქვეს. პროფესორ ლეონ მელიქსეთ-ბეგის აზრით სიტყვა მანგლისი მოდის სიტყვა ნამგალისგან. მისი ვარაუდით, სიტყვის ისტორია ამგვარად გამოიყურება - ნამგალი-ის-ი – ნამგლ-ის-ი – მანგალ-ის-ი – მანგლ-ის-ი.