L'action se déroule principalement sur le Vieux-Port de Marseille et plus particulièrement dans le Bar de la Marine de César, où travaille son fils Marius.
Jeune adulte, Marius tient le comptoir du bar mais il n'a qu'un rêve, embarquer sur l'un des bateaux qui traversent le port et prendre le large vers les pays lointains. Fanny, marchande de coquillages devant le bar avec sa mère, aime discrètement Marius depuis l'enfance. Et Marius, sans l'avouer, a toujours aimé Fanny mais garde ses distances avec elle. Pour pousser Marius à lui déclarer ses sentiments, Fanny attise sa jalousie en se laissant courtiser par le quinquagénaire Panisse, riche maître voilier et vieil ami de César.
Malgré les trente années qui les séparent, Panisse la demande en mariage. Cette annonce provoque une vive dispute entre Marius et Panisse. Fanny éconduit alors Panisse et déclare son amour à Marius. Marius avoue l'aimer tout autant mais il est toujours tenaillé par son désir de partir vers le grand large. Sollicité pour un engagement immédiat sur un navire d'exploration, il voit le poste lui échapper et laisse alors libre cours à son amour et à son désir pour Fanny.
Un mois plus tard, au petit matin, alors qu'Honorine, la mère de Fanny rentre prématurément d'une visite auprès de sa sœur, elle découvre les deux amants endormis dans la chambre de Fanny. Elle se précipite chez César et tous deux décident de les marier au plus vite. Mais au même moment, une nouvelle occasion de partir s'offre à Marius.
Fanny, comprenant que Marius ne sera jamais heureux tant qu'il n'aura pas cédé à sa folie de la mer, choisit de se sacrifier pour lui, prétendant qu'elle préfère finalement une vie rangée avec Panisse. Marius, aveuglé mais soulagé, s'écrie « Moi, j'épouse la mer et toi tu épouses l'argent de Panisse » ; il se rue aussitôt vers le navire en partance, baptisé la Malaisie. Fanny, bouleversée et déchirée, retient ses larmes pour cacher à César le départ imminent de son fils mais en entendant une voix qui crie « Il part, il part.. », elle s'évanouit d'émotion dans les bras de César. César aussitôt appelle Marius à l'aide, « Marius ! Où il est ce petit, bon Dieu ? » ; sur le large plan en plongée de la Malaisie qui sort du port, César appelle une dernière fois « Marius ! ».