В начале 1740-х годов епископ Иннокентий (Нерунович) столкнулся с нарастающей оппозицией со стороны гражданских властей, части купечества и представителей духовенства. Его поддержка в сибирском обществе постепенно уменьшалась, в то же время росли потоки жалоб в Святейший Правительствующий Синод. Осознавая свою изолированность, он отошел от активных дел и поселился в уединенном скиту Вознесенского монастыря в Жилкино.
1 мая 1744 года епископ Иннокентий издал строгий указ, запрещающий «утруждать» его доношениями, за исключением крайне необходимых и касающихся его особы. Такое отстранение епископа в значительной степени снизило эффективность управления епархией.