В связи с включением в 2003 г. пограничников в состав ФСБ России начался переход на профессиональные рельсы, что обусловило ряд первоочередных шагов в этом направлении. Самый «революционный» из них состоял в том, что на Лубянке решили отказаться от солдат-призывников. Последний призыв прошел осенью 2006 года. Пограничные органы с 1 января 2007 года полностью перешли на профессиональный способ комплектования, отказавшись от призыва. Осенью 2008-го Пограничная служба попрощалась с последним «дембелем». «Срочники» в зеленых фуражках ушли в прошлое.
Пограничные войска де-факто прекратили свое существование. На большинстве застав были демонтированы пищеварочные котлы (на 60 и 100 литров), переоборудованы спальные помещения в кубрики для проживания холостых и семейных военнослужащих по контракту. Подверглись изменениям банно-прачечный комплекс, система продовольственного и вещевого обеспечения. Сейчас начался процесс восстановления всего реформированного и разрушенного.