Свободный-21 основан в 1954 году и до 1996 года существовал как войсковая часть центрального подчинения. В 1996 году войсковая часть № 41065 12 ГУМО была расформирована, большая часть военнослужащих была вынуждена покинуть военный городок. В 2012 году военные полностью выведены из городка. В 2013 г.