11 декабря 1699 года флаг с Андреевским крестом был провозглашен Петром I в качестве официального флага военного флота России.

Этот выбор объяснялся тем, что именно от апостола Андрея Россия приняла святое крещение. Царь уделял много внимания разработке флагов. Два проекта он разработал и нарисовал лично.
В российском флоте белый флаг с синим Андреевским крестом просуществовал до 1917 года. Однако вплоть до 1924 года он использовался белогвардейцами, которые сражались за восстановление монархии. После распада СССР, в 1991 году, Андреевский флаг был официально восстановлен указом президента России в качестве основного военно-морского флага.