ესპანეთის სამოქალაქო ომის შემდეგ კატალანური ენა და დროშა აიკრძალა და კლუბებსაც აიძულებდნენ არაესპანური სახელები არ გამოეყენებინათ.

ამიტომ F.C. Barcelona (რომელიც ინგლისურევნოვანი დასახელება იყო) C. de F. Barcelona-ად გადაკეთდა. კლუბის გერბიდან ამოღებული იქნა კატალონიური დროშაც და ადგილობრივი მოსახლეობა კატალონიურ ენაზე მხოლოდ სტადიონზე თუ საუბრობდა.[4]
1943 წელს "ლეს კორტს"-ზე ესპანეთის თასის პირველი ნახევარფინალური მატჩი გაიმართა, რომელშიც "ბარსელონამ" მადრიდის "რეალი" ანგარიშით 3:0 დაამარცხა. განმეორებითი თამაშის წინ, ფეხბურთელებს გასახდელში ფრანკოს ხელისუფლების უშიშროების ორგანოს ხელმძღვანელი დახვრეტით დაემუქრა, რის შედეგადაც "რეალმა' ის მატჩი 11:1 მოიგო.[10]
რთული პოლიტიკური სიტუაციის მიუხედავად "ბარსა" მაინც აღწევდა წარმატებებს. 1945 წელს კლუბმა კიდევ ერთხელ მოიგო ესპანეთის ჩემპიონის ტიტული, 1929 წლის შემდეგ. ამ გუნდში ხოსეპ სამიტიერის ხელმძღვანელობით თამაშობდნენ: რამალეტსი, სესარი და ველასკო. მათ 1948-49 წლებში კიდევ 2 ტიტული მოიგეს. 1949 წელს "ბარსელონამ" პირველად მოიგო "Copa Latina". 50-იან წლებში კლუბის ყველაზე წარმატებული ხანა დადგა. მწვრთნელის - ფერნანდო დაუჩიკისა და "ბარსას" ყველა დროის საუკეთესო ფეხბურთელის - ლადისლაო კუბალას დახმარებით გუნდმა 1952 წელს 5 სხვადასხვა ტიტული მოიგო. მათ შორის: ესპანეთის ჩემპიონატი, "Copa del Generalisimo", "Copa Latina" და "Copa Eva Duarte". 1953-ში "ბარსამ" კიდევ ერთხელ მოიგო ჩემპიონატი და "Copa del Generalisimo".[4] ეს ტიტული კუბალას გუნდმა 1957-შიც მოიგო, ხოლო 1958-ში "ბაზრობათა თასს" (ახლანდელ უეფას თასს) დაეუფლა.
მწვრთნელის ელენიო ერერას ხელმძღვანელობით, ასევე ახალგაზრდა ლუის სუარესის (1960 წლის საუკეთესო ფეხბურთელი) და კუბალას მიერ მიწვეული 2 უნგრელის (შანდორ კოჩიში და ზოლტან ჩჟიბორი) დახმარებით, "ბარსამ" კიდევ 2-ჯერ შეასრულა დუბლი 1959 და 1960 წლებში. 1961 წელს "ბარსელონა" გახდა პირველი გუნდი, რომელმაც ევრო ტურნირებში მადრიდის "რეალი" დაამარცხა და ამით ბოლო მოუღო მათ ჰეგემონიას.
1960-იანი წლები არც ისე წარმატებული იყო. 1957 წელს "ნოუ კამპის" მშენებლობა დასრულდა, ამიტომ კლუბს აღარ გააჩნდა საკმარისი სახსრები იმისათვის, რომ შემადგენლობა გაეძლიერებინა. ხოსეპ ფუსტესა და კარლეს რექსაჩის გუნდმა 1966 წელს "ბაზრობათა თასი" მოიგო, 1968-ში კი სიამაყე დაიბრუნა "Copa del Generalisimo"-ს ფინალში "ბერნაბეუზე" მადრიდის "რეალის" 1:0 დამარცხებით.
1974 წელს "ბარსელონამ" დაიბრუნა თავისი სახელი "Football Club Barcelona".